《乐高忍者:天际飞行》讲述了邪恶的精灵船长正在盗挖忍者岛的土地,在天空中重建他的 Djinjago 领地。玩家在游戏中扮演阿光,你必须打败他和他的飞天海盗团伙,拯救赞、妮雅、劳埃德、寇和赤地,收回被盗的土地并重建幻影忍者。
《乐高忍者:天际飞行》采用传统的闯关玩法,玩家要控制主角在一些地形复杂的地方一边打倒路上的守卫敌人,一边尽可能获取更多的螺帽。作为一款动作游戏,本作在操作方面却是做得十分简单。玩家只需点击屏幕的任意一处,角色就会移动到该处,而想要攻击的时候只需点击敌人即可,至于角色的跳跃则需要拉出弹道线,这样角色就会沿线进行跳跃了。